Untuk menunjang ibadah santri dan juga kegiatan pelajaran di luar kelas, kami memiliki empat fasilitas masjid, dengan spesifikasi dan peruntukan yang berbeda. Ketiganya dibagun untuk mengakomodir ribuan santri, pegawai, dan juga warga sekitar.
1. Masjid pertama ialah Masjid Jami' Al Furqon, merupakan masjid utama sekaligus ikon Pondok Pesantren Al Furqon Al Islami. Masjid ini berlokasi di kawasan utama pondok. Dengan luas sekitar 40 x 40 meter atau mencakup area sekitar 1.600 meter persegi.
Masjid dengan dua lantai ini mampu menampung jamaah sekitar 5.000 orang. Dilengkapi pendingin ruangan, juga kipas untuk sirkulasi udaranya. Bagi jamaah wanita jangan khawatir, tersedia pintu dan jalur khusus untuk akhwat menuju lantai dua bagian barat. Tersedia juga jalur kursi roda.
Tempat wudhu dan kamar mandi tersedia di bagian timur dan barat, terdapat puluhan kran dan belasan pintu kamar mandi.
Dalam kesehariannya masjid ini digunakan untuk shalat 5 waktu warga umum dan santri jenjang MTI-Aly, dan MTS (Subuh, Maghrib, Isya), MSW (Dzuhur, Ashar), Halaqoh Qur'an ba'da subuh, kajian malam, dan acara besar lainnya.
2. Masjid kedua ialah Masjid Sulton Az Zakari, dahulu masjid ini merupakan masjid utama sebelum adanya Masjid Jami'. Masjid ini menampung sekitar 1.000 jamaah, namun dengan konsep sirkulasi udara terbuka tanpa pendingin ruangan.Dalam kesehariannya masjid ini digunakan untuk shalat 5 waktu santri MTs maupun MSW secara bergantian, asaatidzah, dan pegawai juga masyarakat umum sekitar pondok. Selain itu juga menjadi tempat halaqoh tahfidzul qur'an untuk jenjang MSW setelah subuh dan maghrib.
3. Masjid ketiga ialah Masjid Darul Huffadz, berada di kawasan marhalah MSU (SD), masjid ini difokuskan untuk pengajaran santri-santri jenjang MSU. Walaupun kapasitasnya jauh lebih kecil, daalam kesehariannya digunakan juga untuk shalat 5 waktu, halaqoh tahfidz, shalat dhuha, dan pengajaran santri SMSUdiluar kelas.
yakni masjid khusus santriwati dari berbagai jenjang. Dengan luas bangunan 18 x 21 meter, dua lantai, masjid ini juga bisa menampung sekitar dua ribuan santriwati.Seperti masjid-masjid sebelumnya, masjid ini dalam kesehariannya juga digunakan untuk shalat 5 waktu, halaqoh tahfidz al-Qur'an, kajian majlis ta'lim, juga acara besar seperti seminar, dauroh dan lainnya.
