Dalam rangka menjaga kesehatan seluruh civitas pondok, Pondok Pesantren Al Furqon Al Islami memiliki fasilitas kesehatan berupa Klinik Al Iman. Tidak hanya untuk santri, Klinik Al Iman pun melayani seluruh pegawai, asatidzah dan juga masyarakat umum sekitar pondok, pastinya dengan biaya yang amat terjangkau.
Klinik yang diresmikan 9 Januari 2019 ini memiliki dua poli dengan peralatan yang mumpuni, yaitu poli umum dan poli gigi. Selain dua poli utama itu, klinik ini juga melayani rawat inap, cek darah, tindakan medis darurat, khitan, imunisasi anak, pembelian obat, dan konsultasi kesehatan.
Sedangkan di klinik akhwat terdapat pelayanan persalinan yang diakomodir oleh bidan pondok. Klinik ini memiliki bangunan yang terpisah antara klinik akhwat dan klinik ikhwan. Tidak hanya itu, bagi pasien akhwat, tenaga kesehatannya pun khusus dari akhwat.
Terdapat enam ruangan yang difungsikan di Klinik ini, mulai dari ruang tunggu, ruang poli gigi, ruang poli umum, ruang tindakan medis, ruang rawat, ruang bersalin, ruang arsip pasien dan apotek.
Untuk biayanya jangan khawatir, khusus santri dan pegawai secara umum tidak dikenakan biaya, kecuali jika ada penanganan serius seperti penggantian gigi dan semisalnya.
Sedangkan untuk warga sekitar dikenakan biaya pendaftaran dan penanganan yang sangat terjangkau. hal tersebut dalam rangka membantu meningkatkan taraf kesehatan masyarakat sekitar pondok pesantren.
